肠道内寄生着数以万亿计的微生物群，用重量达2～3斤，它们的数量超过了人体细胞总数的10倍，而肠道里的菌群主要分为三类，益生菌就属于其中的有益菌，具有营养及免疫调节作用。
肠道里还有机会致病菌又叫条件致病菌，在肠道微生态平衡时无害，但在特定条件下具有侵袭性，除此之外就是致病菌了，这类细菌多为过路菌，一般在宿主体内存留数小时、数天或数周，对人体有害，如变形杆菌、假单胞菌等。
益生菌也分为三类：乳杆菌类（嗜酸乳杆菌、干酪乳杆菌、詹氏乳杆菌等）双歧杆菌类（长双歧杆菌、短双歧杆菌、嗜热双歧杆菌等）革兰氏阳性球菌（粪链球菌、如球菌、中介链球菌等）
益生菌的作用：抑制有害菌，益生菌是肠道内的优势菌群，与肠粘膜紧密结合可构成肠道的生物屏障，阻止致病菌进入人体，同时抑制条件致病菌过度生长，维持肠道微生态平衡。
激活免疫力，肠道菌群在进行被动防御的同时，可以刺激肠道内的淋巴器官，增加免疫球蛋白在血浆和肠粘膜中的水平，以此对入侵体内的病原菌保持有效的免疫作用。
抗菌作用，有些益生菌可生成细菌素之类的抗菌物质，能够抑制肠道内致病菌的生长并降低其毒性。
为肠道提供营养，肠道菌群对肠道具有调节和营养作用。益生菌代谢产酸，使肠道PH值下降，有利于铁、钙、维生素D等营养素的吸收利用，某些益生菌还可以合成维生素B12、维生素K，有助于维持机体的正常生理代谢。
近年来对于益生菌的研究越来越多的，发现益生菌与人体的认知功能、体重、激素水平、焦虑和抑郁等都有关系。
例如皮肤科方面研究把益生菌作为免疫调节剂用于治疗炎症性皮肤病。《美国临床营养学杂志》在2015年也发表过一项双盲随机安慰剂对照试验，结果显示益生菌可缩短流鼻涕咳嗽喉咙痛等上呼吸道症状持续时间。
益生菌适宜人群：健康人群日常保健经常腹泻或便秘人群部分胃肠道疾病人群，如肠炎等，建议先咨询专科医生，再根据情况选择适宜品类益生菌。乳糖不耐受或容易过敏或抵抗力较差等人群。特殊疾病人群，如经常使用抗生素或需要放、化疗的患者。
日常生活如何增加益生菌：
喝酸奶，注意保加利亚乳杆菌和嗜热链球菌属于一过性益生菌，不能在肠道内定值；而嗜酸乳杆菌、双歧杆菌、鼠李糖乳杆菌等，其保健作用减强，对了还要留意益生菌数量达到1×10 9 CFU的LC431为宜。补充益生元，益生元是益生菌的食物，洋葱、豆类等食物富含益生元能够给肠道益生菌补充养分，大蒜、姜黄等有助于有益菌繁殖。吃富含果胶的水果，苹果、香蕉、山楂等果胶含量丰富，可以为肠道中的有益菌提高能量，促进有益菌的繁殖和生长。摄入富含膳食纤维的食物，如红、绿豆等粗杂粮，以及木耳、口蘑等菌藻类食物，都有利于有益菌生长。市面及医院还有非处方的益生菌类药物或保健品形式的益生菌，可以视情况选择。抗生素、高油脂、饮食不卫生、抽烟喝酒等不良习惯都会影响肠道内菌群失衡，不利于有益菌繁殖。
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