粪便是最好的有机肥，不过一定要经过高温发酵才行。
农家肥必须发酵，发酵不必过长鸡粪发酵两周，猪粪发酵三周，牛粪发酵四周，牛粪发酵必须掺一些杂物。因为牛粪细空气少不易发酵。在发酵过程中必须倒个，在发酵三四天粪内温度会很高，以后温度会降下来，降下来时倒个，不要发酵太长。
1、农家肥发酵可以通过高温杀死部分寄生菌，寄生虫卵，以及部分传染疾病的传病因子。同时，高温发酵能将牲畜粪便以及绿肥中的部分杂草种子失活。无公害蔬菜生产中农家肥发酵必须要高温发酵，使农家肥发酵温度达到60-70℃持续6-7天再经倒翻将外层粪料堆入内层，内层粪料在外层覆盖继续发酵，在温度达到55-60℃时持续4-5天，就能把农家肥中的病原菌，杂草种子和危害蔬菜的虫卵杀死，这样就增强蔬菜的抗病虫和抗旱能力，能大大降低硝酸盐的积累，提高维生素C含量，改善蔬菜的品质；
2、农家肥发酵是一个微生物降解有机物的过程，包括有氧呼吸和无氧呼吸。它的主要作用就在于通过微生物的呼吸作用将有机物降解为植物可吸收成分，包括C、N、P、K等肥料。同时，通过呼吸作用，降解大部分氮素，使其成为能被植物吸收的状态存在。因为，大部分有机物属于大分子有机物，并不能被植物利用。而直接施用于土壤中，天然降解的速度是很慢的。肥料的利用程度就大大降低了；
3、农家肥不经过发酵降解而直接施用于土壤，会在土壤中发酵降解。而发酵过程是一个高温作用的呼吸作用过程。从而很容易造成植物的烧苗。
4、部分牲畜粪便质地比较细密，中间孔隙少，空气存留少，容易引起土壤板结。导致土壤表层储水性能降低，植物根系吸收水分与肥料功能降低。从而影响植物生长。
5、牲畜与人类粪便中能伴随有一些疾病的病菌传播。比如乙肝。通过高温发酵等无公害处理之后施用于农田林地才是安全的。
