1、最核心的区别是各种遵循的认证标准不同，无公害标准为NY5000系列，绿色食品标准和有机食品标准也各不相同。
2、在级别上有机最高，也最难申请。
3、绿色和无公害食品认证是由农业部门负责，有政府行为，有机是市场行为，在我国什么一变成市场行为就变质了，所以有机产品可能会良莠不齐。
4、在认证费用和周期上，有机大于绿色大于无公害，同等条件下，认证费用也是一样
5、产品价格上，有机大于绿色大于无公害，但是销售情况上，绿色最好，因为有机多少有炒概念的嫌疑，并且价格虚高，无公害有多少低端了，没办法。
绿色食品（有机食品）生产与常规食品生产的区别
绿色食品（有机食品）和常规食品根本的区别在于食品原材料种植、养殖上，有机食品不使用化学合成肥料、农药等产品，代之的肥料一般使用动物粪便等有机肥料，除虫方法一般采用人工或动物除虫（比如散养柴鸡），更加环保、健康，所以称之为绿色食品，大多数绿色食品不会过于深加工，因为深加工过程中如需加入食品添加剂则失去了绿色食品本身的意义。
绿色食品AA级和有机农产品的区别？
按照农业部发布的行业标准，AA级绿色食品等同于有机食品。
AA级绿色食品和有机食品没有本质的区别，
但是后者要求更严格，比如绿色食品对产品是否为转基因食品没有要求，而有机食品 则不允许 转基因产品
有机食品是什么意思？它与绿色食品有何区别？（转自bjzjsj博客）
A级绿色食品系指在生态环境质量符合规定标准的产地，生产过程中允许限量使用限定的化学合成物质，按特定的操作规程生产、加工，产品质量及包装经检测、检验符合特定标准，并经专门机构认定，许可使用A级绿色食品标志的产品。 AA级绿色食品系指在环境质量符合规定标准的产地，生产过程中不使用任何有害化学合成物质，按特定的操作规程生产、加工，产品质量及包装经检测、检验符合特定标准，并经专门机构认定，许可使用AA级有绿色食品标志的产品 绿色食品应具备以下四个条件： 1．产品或产品原料产地必须符合绿色食品生态环境质量标准。 农业初级产品或食品的主要原料，其生长区域内没有工业企业的直接污染，水域上游、上风口没有污染源对该区域构成污染威胁。该区域内的大气、土壤、水质均符合绿色食品生态环境标准，并有一套保证措施，确保该区域在今后的生产过程中环境质量不下降。 2．农作物种植、畜禽饲料、水产养殖及食品加工必须符合绿色食品生产操作规程。 农药、肥料、兽药、食品添加剂等生产资料的使用必须符合《生产绿色食品的农药使用准则》、《生产绿色食品的肥料使用准则》、《生产绿色食品的食品添加剂使用准则》、《生产绿色食品的兽药使用准则》。 3．产品必须符合绿色食品产品标准。 4．产品的包装、贮运必须符合绿色食品包装贮运标准。 产品的外包装必须符合国家食品标签通用标准外，还必须符合绿色食品包装和标签标准。
绿色食品，有机食品，转基因食品，杂交技术食品之间的差异。
有机食品是有机产品的一类，有机产品还包括棉、麻、竹、服装、化妆品、饲料（有机标准包括动物物饲 料）等非食品。我国有机产品主要是包括粮食、蔬菜、水果、畜禽产品（包括乳蛋肉及相关加工制品）、水产品及调料等。
绿色食品是指产自优良生态环境、按照绿色食品标准生产、实行全程质量控制并获得绿色食品标志使用权的安全、优质食用农产品及相关产品。绿色食品认证依据的是农业部绿色食品行业标准。绿色食品在生产过程中允许使用农药和化肥，但对用量和残留量的规定通常比无公害标准要严格。
转基因食品， 就是通过基因工程技术将一种或几种外源性基因转移到某种特定的生物体中，并使其有效地表达出相应的产物（多肽或蛋白质），此过程叫转基因。以转基因生物为原料加工生产的食品就是转基因食品。
杂交技术食品是同一物种几个品项或者不同物种之间，通过嫁接或授粉的方式培育筛选优质品种。例如：水蜜桃可以通过水蜜桃枝条和野毛桃砧木嫁接，嫁接植株可以结出美味的水蜜桃。2倍体西瓜和4倍体西瓜结合产生无子3倍体西瓜。这种西瓜具有果实大，无瓜籽的特点，但不具备遗传性。就是不能代代相传。蕃茄和辣椒嫁接得到的美味的蕃茄椒，是两者营养更加综合。
