现代日本是以大和民族为绝大多数的国家，极少数为阿伊努族人是日本的土著民族，是赤道人种的一支。国籍上的日本人与民族上的日本人基本倾向于相同。现发现最古老的日本人人骨、大约属于2万年前至3万年前的冰河期时代。一般认为（绳文人）最早于冰河期时代到达日本列岛。由绳文人人骨中采集遗传因子与世界各地的对象比较，与西伯利亚北部的先住民最为相近。冰河期之前的西伯利亚北部气候温暖，有大型动物、草木生长，进冰河期时代以后则再找不到人类生活的痕迹。西伯利亚特有的石器如楔形石核的遗迹被发现于西伯利亚北部、库页岛、北海道、与日本列岛等地如弧型分报，故一般认为是于冰河期由西伯利亚北部经库页岛、北海道、再进入日本列岛居住。冰河期时代的北海被冰所覆盖，于库页岛、北海道、日本列岛间进行移动明显是可行的。另外，由渡过南海而来的南岛语族，把中国长江下流域开始的照叶树林文化(烧垦文化)带来。其后，绳文末期、弥生时代开始，有由中国大陆方面(东南沿海:以浙江居多,吴服传入日本即今日之和服,到明朝中国唐手传入日本即今日之空手道)移居日本列岛的新蒙古人种（渡来人、弥生人）。日本作为国家概念形成的重要事件:元日战争(1274-1281年)元日战争，指元朝皇帝忽必烈在1274年和1281年两次派军东征侵略日本的战争。这个事件在日本被称为“元寇”或“蒙古袭来”。两次侵略企图尽管以失败告终，但其在宏观历史上仍起了十分重要的作用：不但使蒙古帝国的持续扩张受挫，也成为日本作为国家概念形成的重要事件。由于两次侵略过程中元军的船只都遭遇风暴，损失四分之三以上的兵力和补给，神风这个词也由此诞生。除了在第二次世界大战结束时被盟军占领以外，这两起失败的侵略尝试应该算是日本一千多年来面临的最大威胁了。前期倭寇前期倭寇是以日本海盗为主，主要攻击范围为当时臣服于元朝的高丽。由于先前臣服于元军的高丽军，在元世祖忽必烈两次进攻日本的军事行动中，对日本的对马、壹岐、松浦、五岛列岛等地的居民进行屠杀，因此前期倭寇以这些地区的残存者为主要构成份子，对于朝鲜沿海进行含有报复式的海盗行为，目的一方面在于夺回被俘的岛民，一方面则在掠夺粮食以弥补因遭虐杀而下降的农业生产力。朝鲜史取对马岛、壹岐岛、平户岛三地之名，称为“三岛倭寇”（以平户藩松浦家为核心）。清朝的徐继畲所著《瀛环志略》，以及朝鲜的安鼎福所著《东史纲目》，均指出倭寇的起因在于朝鲜人(高丽人)配合蒙古侵日行为所引发的报复。后来日本进入南北朝的分裂状态，倭寇的活动也由于政府管制力减弱而加剧。由于前期倭寇对于日本与明朝、高丽贸易造成破坏，初成立的明朝政府对日本南朝发出讨伐倭寇的要求，随后敕封讨寇有功的南朝征西将军宫怀良亲王“日本国王”（后醍醐天皇之子）的称号。之后北朝（室町幕府拥立）统一南朝后，幕府将军足利义满再度进行讨伐，随后受封为新的“日本国王”。朝鲜王朝的开国君主李成桂因为讨伐倭寇有功得到很大的声望和势力，后来进行政变取代高丽王朝建立朝鲜王朝。之后随着明朝与日本间勘合贸易的盛行，以及对马岛与朝鲜之间的贸易开放，前期倭寇也逐渐式微。前期的倭寇，是以日本人为主体，故被称为“真倭”。后期倭寇明成祖发动内战，夺取政权，迁都北京后，据说建文皇帝在南方的残余势力与日本海贼合作，在中国东南沿海进行报复性侵扰，由于这些南方人体型上也比北方人矮小，所以沿用“倭寇”这名词来称呼由日本人与南方中国人所组成的海盗集团。可是，关于后期倭寇，海盗集团的海员凡乎是南方中国人。明成祖晚年，由于陆上北方威胁已除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易(官方许可贸易)，但后来到了嘉靖二年(西元1523年)爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门之战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（鱼业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成了嘉靖倭乱。后来的发展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、佛朗机人合作进行走私，在后期倭寇中，很为知名。胡宗宪、戚继光与俞大猷曾参与讨伐倭寇的军事行动。15世纪半至16世纪，其活动舞台为中国沿岸、东南亚方面，成员以中国人及朝鲜人为主，被称为“假倭”。此时期倭寇发生的主要原因是明代中国的生产力增加，但却施行海禁政策。史书所见的最后倭寇，在1624年7月侵犯福建沿海。“推其祸始，乃由闽、浙沿海奸民与倭为市；而闽浙大姓没其利，阴为主持，牵连以成俗。当时抚臣朱纨欲绝祸本，严海禁；大家不利，连为蜚语中之，而纨惊死矣。纨死而海禁益弛，于是宋素卿、王直、陈东、徐海、曾一本、许恩之流争挟倭为难。自淮扬以南至广海万余里，无地不被其残灭，而闽祸始惨矣”。大和民族（又称大和族）是构成日本民族主体的民族，约占总数的99.9%（其余为爱努族与琉球人）。大和族主要分布于整个日本列岛。常用短语例如“大和魂”（即“大和精神”）。根据上古传说，大和族是天照大神的子孙。大和这个称呼应该是从邪马台时代开始的。大和国时代后，日本人自称大和民族关于大和族源，另有人提出江南农民直接渡来说。16世纪末，赴日传教的葡萄牙人罗德里格斯在《日本教会史》中写道：“日本最早的移民来自浙江，日本国王即其苗裔。”并认为泰伯二弟仲雍的子孙自称姬氏移民日本，到第六代称王，即神武天皇。大和族还有另两名字，叫天孙民族与天降民族，意思是他们是从天上掉下来与神造（天照大神），皇族是神统，任何地方也找不到；随神武天皇东征大和，建立王权，大和族也因此得名。贾德·戴蒙认为大和族(北方)是由虾夷族、弥生族与扶余、蒙古东西伯利亚等东北亚地区民族构成，夫余的后人是布里亚特人，日本人的基因与布里亚特人最接近。北方的日本人是通过中国东北、桦太岛、北海道、千岛群岛、朝鲜半岛到达日本。但南方的日本人是由从南洋与中南半岛、波利尼西亚、马里亚纳群岛北上的马来族、矮黑人、江苏浙江一带的吴越人及云南西南夷等少数民族构成，北方的日本人体质像阿尔泰民族，南方的日本人体质像南岛语族。到弥生时代使用日语的大和族基本上已定型。布里亚特人与大和人是世界上基因最接近，也最完整保留了夫余人型态,基因与语言的民族。九州的隼人被指是由中南半岛登陆日本的苗族。大和族有两种类型：长州型与萨摩型，前者身型较像中国人，人数少，多是贵族，长州型体质：长脸，小睑裂，单眼皮，窄鼻梁；嘴唇和耳垂瘦小，身材细高。后者较像马来人，人数较多，多是平民与部落民出身，萨摩型体质：宽脸，大睑裂，双眼皮，宽鼻梁；嘴唇和耳垂肥大，身材矮小。弥生族属“新蒙古利亚人”系统，最初居住于本州西端和北九州，以后逐渐向东扩散，经近畿地区扩散至关东地区。在扩散过程中，他们不断与原居民（绳纹人的子孙）混血,型成现在的日本人。但东北地区的大和族，仍保留了较多绳纹人基因，只是接受新移民的文化，而地处偏远的东北地区、北海道、西北九州，离岛地区，则较少或几乎未受移民混血的影响，仍以绳纹人的子孙为主要居民，因而生活于北海道的阿伊努人被认为是未受混血影响的绳纹人的直系子孙。于是，在弥生时代，形成了日本人的二重构造，即移民系统弥生人（主要分布于西日本，来自中国东北、朝鲜、江南）和绳纹系统弥生人（主要分布于东日本）。移民系统弥生人其特点是身材高（平均约162—163厘米）、脸型长等，更接近于现代日本人与韩国人。另一方面，如果一个大和人身体体毛较发达，这人应该有较多阿伊努人血统。大和人的某些基因，与布里亚特人最近，而与三韩民族较远，这种基因与芬兰人接近，他们的祖先是操阿尔泰语系的森林民族，夫余。日后大和政权可能其实是夫余人后裔百济渡海建立，朝鲜三国，只有百济与大和国关系密切，日后百济亡国后，到日本的，都成为贵族。布里亚特人的摔跤不是蒙古-土耳其式摔跤，而是和高丽摔跤相似，与日本相扑属于同一个系统。所以是大和人与布里亚得人也是扶余后人的证据.徐福来到日本:有以下几种说法：来到日本，是为日本历史上第一位天皇神武天皇，在考古研究中，结合“欠史八代”的疑点，在证明这九代天皇存在之前，这种说法不失为一种看来合理的说法。日本现有徐福墓，但成立年代颇晚，当是后世徐福来日传说传入日本附会所建。又，徐福墓数量过多，如杨贵妃墓，前前后后有数十座，徒增疑点。 成为日本人的祖先。此说无论就史学或考古学观之，其时代皆大相迳庭。日本早于徐福来到前早已有人居住，并已有其文化。徐福与童男童女到来充其量只是与当地人通婚再产生后代而已。 据‘日本国史略’提到：“孝灵天皇七十二年，秦人徐福来。（或云，徐福率童男女三千人，赍三坟五典来聘。福求药不得，遂留而不归。或云，止富士山。或云，熊野山，有徐福祠。）”说徐福带童男童女来日本修好，贡上三坟五典而寻求仙药，然而不得仙药，只等定居下来。在‘富士文书’中则提道徐福来到日本，协助当地农民耕种，带来一些新的技术。然而‘富士文书’一般被学界认为是伪书。 到达日本后，徐福再没有返回中国，而且没有得到长生不老药，担心秦始皇追杀，要求同行男女各自改姓成“秦”、“佃”、“福田”、“羽田”、“福台”、“福山”等姓氏。巧合的是，连云港市现有云台山脉，姓氏都与山有奇特渊源。现在，日本和歌山县新宫市都还有姓秦的日本人，有些家门口楼上还仍然刻着“秦”字。 到了琉球群岛。 只是到了渤海湾中的一个小岛。 于大海上遇到风暴失踪。 有趣的是，由宇多天皇到龟山天皇由天皇主祭徐福达80多次，直到明治维新才停止。
